海藻种质库团队完成首个翅藻科海藻裙带菜全基因组测序2020-03-01

日前,海藻种质库团队成员利用最新的PacBio三代测序平台和Hi-C技术完成了对裙带菜单倍配子体染色体水平的全基因组测序、拼接、组装以及注释工作。揭示裙带菜基因组为511Mb,contig N50为1.7Mb。利用Hi-C辅助拼接后,共有502.8Mb的基因组序列组装到染色体水平,Scaffold N50长度达到16.5Mb。相关工作发表在Frontiers in Genetics杂志上。

裙带菜为重要的经济褐藻,原产于西北太平洋地区,全球年产量可达200万吨,在东亚地区作为食用海藻已有50多年的历史,因含有丰富的多糖,也是制药及化妆品行业的重要原料。裙带菜因具有较强的环境适应性和繁殖能力,如今已在全球范围内广泛分布,被列为欧洲海域最具入侵性的十大物种之一。另外,裙带菜雌雄同体配子体及其自交孢子体的发现,说明这一物种的性别决定及生活史过程更为复杂和多样化。裙带菜基因组数据的缺乏,严重阻碍了其基础生命学现象的深入探究及分子育种技术的顺利发展。

裙带菜基因组的成功破译,对于今后开展基因育种、阐明裙带菜性别决定及入侵机制,以及海带目海藻物种间的比较基因组学研究具有重要的意义。

 

论文引用:

Shan T, Yuan J, Su L, Li J, Leng X, Zhang Y, Gao H and Pang S (2020) First Genome of the Brown Alga Undaria pinnatifida: Chromosome-Level Assembly Using PacBio and Hi-C Technologies. Front. Genet. 11:140. doi: 10.3389/fgene.2020.00140

论文链接:

https://www.frontiersin.org/articles/10.3389/fgene.2020.00140/full?&utm_source=Email_to_authors_&utm_medium=Email&utm_content=T1_11.5e1_author&utm_campaign=Email_publication&field=&journalName=Frontiers_in_Genetics&id=518402

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